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Core Advantages

核心特点

蛋白活化过程的本质变化解析，蛋白工作的关键物理化学动力学 Kinetic 信息。包括：蛋白活化的中间态、过渡态、以及链接它们的状态结构、以及伴随整个过程的自由能信息，其中最为重要的是活化能垒信息；
升维蛋白活化过程结构数据，弥补传统蛋白数据库仅含有稳态信息的不足，从根本上提升CADD、AIDD行业数据质量
为理解蛋白工作机理、新口袋的发现、难成药靶点的分子设计、偏向性靶点的分子设计，旧分子的机制研究提供全新维度的靶点信息

蛋白功能与多维自由能景观

大多数功能蛋白主要存在于稳定的非活化态（IAS），但其功能最终取决于从 IAS 向活化态（AS）的转变。如上图黑线所示，该转变过程历经多个阶段，并伴随显著的构象重排。

一维自由能图

蛋白活化全过程一维自由能图的示例，由左图简化得出。随着蛋白活化进行，自由能、构象与分子口袋均同步发生变化。解析该转变路径，对理解蛋白调控机制及理性药物设计至关重要。

传统蛋白数据信息

传统蛋白数据库（如PDB等），仅有蛋白在稳态非活化态以及某些特定的亚稳态结构信息。由非活化态向活化态的中间态过渡态以及连接它们的状态信息，由于实验技术手段的制约无法得到。

自由能信息

晨伫独家蛋白机理信息

晨伫蛋白活化机理数据库，利用前沿的计算生物学方法与湿实验的反向验证，得到蛋白由非活化态向活化态转化全过程的信息，包含存在时间仅飞秒级的中间过渡态。蛋白活化全过程信息包括：蛋白结构变化信息以及伴随的能量变化信息等。

传统蛋白数据信息

传统的蛋白结构及动力学信息，只是非活化态/亚稳定活化态下的分子动力学模拟，宏观构象处于较稳定状态。分子口袋信息固定，偶尔可以捕获势能面势阱周围的口袋变化，仅能判断分子和非活化态或某些活化态的结合强弱，无法预测口袋内分子对蛋白活化过程，尤其是活化能垒的影响，药物设计就像"开盲盒"。

结构信息

晨伫独家蛋白机理信息

晨伫蛋白机理数据，具有完整的蛋白从稳态经过中间态，过渡态，向活化态的过渡转变。区别于非活化态 MD 模拟，蛋白宏观构象在活化过程中发生本质的变化。例如此动画中可以看到 GPCR 受体口袋的打开，G 蛋白 helix 的插入，G 蛋白 domain 的本质构象翻转，等等。红色区域代表了口袋的变化。

科研前沿——世界领先的计算生物学算法与湿实验反向验证

团队技术参考文献

1.Bai C, Warshel A. Nat Chem. 2020;12:1187.

2.Bai C, Warshel A. J Am Chem Soc. 2021;143:17646.

3.He Y, Bai C. Angew Chem Int Ed Engl. 2024;63:e202405765.

4.Yan J, Warshel A, Bai C. J Am Chem Soc. 2024;146:26297.

5.Zhang Y, Warshel A, Bai C. J Am Chem Soc. 2025;147:3539.

6.Bai C, Chen G, Warshel A. J Am Chem Soc. 2021;143:17646.

7.Zhang Y, Warshel A, Bai C. J Am Chem Soc. 2024;146:4665.

8.Bai C, Warshel A. Proc Natl Acad Sci USA. 2019;116:19484.

9.Liu S, Chen H, Bai C, Tian C. Sci Adv. 2025;11:eadx4432.

10.Zhu X, Warshel A, Bai C. Proc Natl Acad Sci USA. 2024;121:e2401079121.

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Use Value

使用价值

我们的数据库能够完整呈现靶标活化过程中的蛋白结构变化，包含结合口袋的变化，新口袋的生成和旧口袋的消失，而不仅仅是旧口袋的形态变化。另外，我们关注的不仅仅是分子在稳态（非活性态，部分亚稳态活性态）下的结合能，还包括活化能垒、过渡态等其他关键的动力学信息。

在蛋白机理数据这一全新维度的基础上，可以帮助药物化学家理解蛋白工作机理，构建和训练全新的CADD标准，AIDD模型，为分子筛选与设计提供明确的机理线索和约束。 同时，还可以回溯已有分子的作用机制，为后续的新分子设计提供参考依据。

全新维度的蛋白机理数据，有利于挑战难成药靶点分子设计、以及偏向性分子设计。此外，数据库信息还可以应用于预测突变效应，脱靶效应，药物抵抗等。

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应用示例：通过我们的蛋白机理解析平台，我们已经获得成果

3.1 全新骨架的 GCGR 偏向性抑制剂分子

晨伫深度探究 GCGR 蛋白工作机理，突破性攻克 GCGR 抑制剂设计瓶颈；通过全新分子骨架，实现 GCGR 蛋白精准构象调控，核心分子表现出卓越偏向性抑制，cAMP 抑制活性较唯一临床在研分子 LGD-6972 提升 8倍。这个过程仅用了三个月时间，合成了不到50个分子。

3.2 全新 PROTAC 骨架的的 ER 抑制剂的

晨伫深度解析 ER 蛋白工作机理，利用 MechGen™ PROTAC 分子生成模块，设计多款具有全新自主知识产权骨架的 PROTAC 分子。通过精准的分子结构优化，核心分子在 MCF-7 等多种细胞系中表现出皮摩尔级（pM）的降解活性，同时具有优异的药代动力学特性。这个过程仅用了三个月的时间，合成了不到100个分子。

3.3 新一代 DPP-1 抑制剂的分子设计

我们解析了 DPP-1 从非活化态到活化态的完整构象转变路径，确定了关键能垒与过渡态构象，并证实已上市及临床III期抑制剂均通过升高这些能垒发挥抑制作用。进一步的残基能量贡献分解使我们识别出关键残基，并将其转化为显式相互作用约束。利用MechGen™模块，我们在这些残基位点进行了靶向药效团相互作用工程改造，实现了精准的先导化合物优化。所设计的化合物展现出优异的酶活性和细胞效能，同时具有良好的代谢稳定性和同类最佳的渗透性。整个过程仅用时两个月，合成了不到30个分子。

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Data Type and Purchasing Pattern

数据类型及购买模式

4.1 数据类型

Basic Version

仅包含未经处理的结构转化原始数据，其中包含大量异常原子距离。适合在处理蛋白高能量非稳态，结构修剪和建模方面具有高级专业知识，喜欢挑战困难的人。

Standard Version

涵盖基础版全部内容。在此基础上我们已对活化路径关键结构进行了预处理，所提供的全原子结构，构想能量变化趋势可直接应用于创新药物研发流程。此外还包含针对高能量非稳态结构的对接计算Demo文件。技术团队对客户在数据库的使用过程中碰到的问题提供基础建议。

Premium Version

涵盖标准版所有内容。在此基础上包含同等条件下定制化管线合作优先权。靶点排他服务优先权。数据库更新策略知情权，优先考虑Premium用户的靶点需求。技术团队提供全面的使用支持。完整活化过程构象能信息。

4.2 购买模式

购买模式-A 按蛋白购买 购买模式-B 订阅制 购买模式-C 定制化购买

购买模式-A 按蛋白购买

订单合同制，加密指纹数据定向发送

注释：

该模式为不限数量购买库内已有的蛋白数据

若有批量采购需求，可享特定折扣

蛋白名称
Description
活化过程 （kinetic 信息展示）
AMY3R
AMY3R（Amylin 3 Receptor，3 型胰淀素受体）由 CTR (a/b)+RAMP3 构成 B 类异二聚体 G 蛋白偶联受体，二聚体结构最稳定；优先响应胰淀素，介导饱腹、延缓胃排空、抑制胰高血糖素，功能下调诱发肥胖与 2 型糖尿病。
β2AR
β2AR（β2-Adrenergic Receptor，β2 肾上腺素能受体）为 A 类 G 蛋白偶联受体，大量表达于气道平滑肌，激活后舒张支气管，受体功能异常与气道痉挛、哮喘发病相关。
KRAS
KRAS（Kirsten大鼠肉瘤病毒癌基因同源物，Kirsten Rat Sarcoma Viral Oncogene Homolog）隶属于RAS超家族小GTP酶，作为分子开关调控细胞增殖与存活；热点突变使其永久处于活化构型，驱动胰腺癌、结直肠癌和非小细胞肺癌的发生
GCGR
GCGR（Glucagon Receptor，胰高血糖素受体）属于B类G蛋白偶联受体，主要表达于肝脏，介导胰高血糖素调控肝糖代谢，其功能异常参与2型糖尿病等代谢疾病的病理进程。
GlyR
GlyR (Glycine Receptor，甘氨酸受体) 是Cys-loop家族五聚体配体门控氯离子通道，介导脊髓和脑干的快速抑制性神经传递；其功能障碍导致过度惊跳症，并参与慢性疼痛与炎性疼痛。
AM1R
AM1R（Adrenomedullin 1 Receptor，肾上腺髓质素 1 型受体）由 CLR 与 RAMP2 组装形成异二聚体 B 类 G 蛋白偶联受体，高亲和结合肾上腺髓质素，调控血管舒张、血管生成，功能异常关联休克、血管病变。
CTR(-ct)
CTR (Calcitonin Receptor，降钙素受体) 经典CT通路中，降钙素与CTR结合，激活Gs-cAMP-PKA信号级联，抑制破骨细胞骨吸收、降低血钙，并促进肾脏尿钙排泄，维持钙稳态。
CTR(-bypass)
CTR (Calcitonin Receptor，降钙素受体) 旁路通路（bypass）中，受体经Gq-PLC-Ca²⁺及β-arrestin-MAPK传导信号，不依赖Gs-cAMP；其激活受剪切变体（CTR(b)偏好Gq）和RAMP共组装调控，介导神经元兴奋性、疼痛调节与能量代谢。
CGRP
CGRP（Calcitonin Gene-Related Peptide，降钙素基因相关肽）为感觉神经释放的神经肽，经 CLR/RAMP1 受体介导血管舒张与痛觉传递，通路紊乱是偏头痛发病核心病理基础。
AM2R
AM2R（Adrenomedullin 2 Receptor，2 型肾上腺髓质素受体）由 CLR 与 RAMP3 组装成 B 类异二聚体 G 蛋白偶联受体，偏好结合肾上腺髓质素与中叶素，调控血管、淋巴稳态，功能异常关联心衰、微循环障碍。
GLP-1R
GLP‑1R（Glucagon-Like Peptide-1 Receptor，胰高血糖素样肽‑1 受体）属于 B 类 G 蛋白偶联受体，分布于胰岛、肠胃及中枢，葡萄糖依赖性调控血糖与食欲，功能衰退诱发 2 型糖尿病、肥胖。
ACLY
ACLY（ATP Citrate Lyase，ATP 柠檬酸裂解酶）是胞质关键代谢酶，催化柠檬酸生成乙酰辅酶 A，衔接糖代谢与脂合成，活性异常参与高血脂、脂肪肝及肿瘤代谢紊乱。

购买模式-B 订阅制

订单合同制，加密指纹数据定向发送

解释：

  • 数据库会持续更新，订阅客户会接收到订阅周期内的新增蛋白的数据。作为附加赠礼，每一年期订阅，包含数据库中的5个任选蛋白。


  • 我们确保每6个月更新一次，每次至少发布5个蛋白数据，蛋白数据发布3个月之前会公布计划蛋白名单。


  • 订阅客户在蛋白数据发布的4个月之前，可推荐蛋白，但不可指定蛋白。


订阅内容

订阅时间
更新次数
新增靶标数
赠送靶标，任选
订阅1年
≥ 2
≥ 10
5
订阅2年
≥ 4
≥ 20
10

购买模式-C 定制化购买

我们欢迎定制化或独家订购

若有指定蛋白或排他需求，可根据实际情况探讨独家合作模式

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